從1950年（民國40年代）開始，印尼華僑響應政府號召來台灣投資設廠，加入經濟建設的行列。同時，當時印尼發生排華事件

（註1：民國46年印尼政府頒佈PP10條款），許多華僑攜家帶眷遷居來台。初到新環境，人生地不熟，遭遇不少困難。

民國47年底，一群熱心人士組成了歸僑團體，定名為「印尼歸僑聯誼會」。其宗旨是「團結印尼歸僑，發揮互助精神，共謀歸僑福利」，主要任務是「協助印尼歸僑解決有關問題（包括就業和就學等）」。當時，歸僑人士多居住在中和鄉（即現在的中永和地區）及台北市，人數最多。

民國75年，進而成立「台北縣印尼歸僑協會」（即為目前的新北市印尼歸僑協會）。隨著歸僑人數快速增加，散居台灣各縣市，為符合實際需要，方便服務，於民國78年11月成立「中華民國印尼歸僑協會」，兩會聯合運作，通稱為「印尼歸僑協會」。兩會各屆理事長及理監事委員大多由早期回台升學的僑生擔任，畢業後事業有成，會務推動順利。